蛋白结构8BOW_PSMA_GCPII.pdb692 个残基 · 5,833 个原子 · 已隐藏参考配体
TARGETING LIGAND DESIGN
PSMA 靶向配体 AI 辅助设计
以 PSMA-617 linker 优化为主案例，完成口袋确认、姿态预测、质量门禁和候选优选。
01
输入就绪准备研究对象
选择蛋白结构与具有直接证据的匹配配体
候选配体PSMA-617C₄₉H₆₉N₉O₁₆ · 1040.1 Da · 共晶参考可用
来源 8BOW；QYF/水/糖链已隐藏，催化 Zn 与结构 Ca 保留。
默认使用封存参考配体定义的 PSMA 位点，也可改用 Fermi Pocket 自动预测或手工中心。
PROTEIN PREVIEW8BOW · Human PSMA / GCPII
拖动旋转 · 滚轮缩放
LIGAND PREVIEWPSMA-617 · 3D 构象
拖动旋转 · 滚轮缩放
FERMI PROPERTY FILTERS候选性质与结构警报
提示项，不作为放射性配体的硬性 Lipinski 淘汰规则载入配体后计算
这些计算不替代真实 ADME、毒性、血浆蛋白结合、内化或体内分布实验。
CONTROLLED DESIGN LOOP
PSMA-617 linker 优化
保持 PSMA 结合头，通过有限结构修改比较 linker 构象与脂溶性。P17：naphthyl → styryl；P18：在 P17 基础上 cyclohexyl → phenyl。
PSMA-617 参考→P17 有限结构修改→P18 有限结构修改→重新分析与 shortlist
02
统一流程研究分析流程
输入确认后，系统生成姿态，并通过独立评分与质量门禁形成 shortlist 证据
1
口袋预测Fermi Pocket
识别潜在结合位点、口袋中心与关键残基
→
2
结合姿态Fermi Dock
预测候选配体在口袋中的三维结合姿态
→
3
2×
独立模型评分Fermi Score
输出姿态质量、亲和倾向与候选优先级分值
→
4
✓
独立质量门禁Fermi Quality
检查 RMSD、键长/碰撞、口袋覆盖与关键接触恢复
i
每项结果都会保留模型版本、输入参数和原始产物；Fermi Score 的各项分值独立展示，不会自动换算成实验 Kd、IC50 或 ΔG。
准备分析
完整研究流程
提交后自动执行，并持续更新每个模型阶段的进度。
✓
研究分析完成
所有结果已标注模型来源
真实模型结果
蛋白骨架预测口袋对接后配体
LINEAR PEPTIDE RESEARCH
线性多肽研究
从目标蛋白序列生成候选多肽，再基于蛋白 PDB 预测复合物姿态。
01
候选序列生成
输入目标蛋白氨基酸序列，生成线性多肽候选
尚未提交
PEPTIDE CANDIDATE PREVIEW候选序列
序列链形示意 · 非三维预测
02
复合物姿态预测
选择蛋白 PDB 和一条候选多肽进行预测
尚未提交
PROTEIN–PEPTIDE COMPLEX复合物姿态
拖动旋转 · 滚轮缩放
亲和力评分当前模型不输出亲和力；姿态编号只用于浏览，不代表结合强弱排序。
环肽设计能力建设中
一期不提交环肽真实设计任务；后续将独立评估专用生成模型、闭环几何约束和实验验证流程。
RESEARCH FRONTIER
前沿研究文献
预置多肽生成、蛋白—多肽对接和环肽设计的代表性研究，用于说明能力建设依据。
BATCH LINEAR PEPTIDE RESEARCH
多肽批量研究
围绕同一个蛋白 PDB，按顺序预测多条线性多肽候选的复合物姿态。
尚未提交
SMALL-MOLECULE BATCH SCREENING
小分子批量筛选
选择一个目标蛋白和多个候选小分子，用同一模型流程完成分析与排序。
01
单选选择目标蛋白
一个批次围绕同一个靶点展开，结果可以直接横向比较
02
勾选靶点匹配配体
每个候选都有直接共晶结构证据；结果用于同靶点结构比较和模型优先级排序
03
真实模型结果批量分析进行中
正在依次处理所选候选配体
准备任务0 / 3
排名候选配体姿态综合分 / 亲和倾向状态
TRACEABLE RESEARCH
任务记录与研究溯源
每次研究都保存输入摘要、模型版本、阶段状态与可下载产物。
任务研究对象分析流程状态更新时间
RESEARCH PAPER AGENT
研究论文智能体
用中文或英文提问，系统从论文摘要库检索证据并给出带引用的科研总结。
正在检查论文库…